La Constitución española de 1978 establece, en su disposición transitoria quinta, que “Las ciudades de Ceuta y Melilla podrán constituirse en Comunidades Autónomas si así lo deciden sus respectivos Ayuntamientos”. Desde la aprobación del Estatuto de Autonomía de Melilla (Ley Orgánica 2/1995, de 13 de marzo, BOE núm 62, de 14 de marzo de 1995), la ciudad es considerada Ciudad Autónoma. Antes de pasar a ser ciudad autónoma la ciudad formaba parte de la provincia de Málaga.
Este estatuto específico, aunque no le concede capacidad legislativa, sí que le permite proponer en las Cortes las iniciativas legislativas que considere oportunas. A diferencia de las Comunidades Autónomas, no tiene una asamblea legislativa autónoma propia.
Su primer Presidente del Consejo de Gobierno fue el político del Partido Popular Ignacio Velázquez Rivera, el cual era ya, desde 1991, alcalde de Melilla. Tras impedir ilegalmente el debate de una moción de censura en su contra, finalmente tuvo que autorizarla, siendo desalojado del poder en 1998. Le sucedió Enrique Palacios, del Partido Independiente de Melilla. Tras la irrupción del GIL en las ciudades autónomas en las elecciones de 1999, llegó al poder Mustafá Aberchán, presidente de Coalición por Melilla y primer presidente autonómico musulmán de España. Aberchán fue sustituido en 2000, mediante una nueva moción de censura, por Juan José Imbroda, de Unión del Pueblo Melillense (que en 2003 se integraría en el Partido Popular), el cual es el actual Presidente de la Ciudad Autónoma de Melilla.
Aunque el Gobierno de España no ha mantenido ninguna negociación al respecto, desde 1982 el Gobierno de Marruecos ha pedido la integración de Melilla y Ceuta en su territorio, junto con otras islas deshabitadas como la isla Perejil. El estatus de Ceuta y Melilla ha suscitado, fundamentalmente por parte de medios británicos y marroquíes comparaciones con la reivindicación de Gibraltar por España. Tanto el Gobierno español, como Ceuta y Melilla, y sus habitantes, rechazan estas comparaciones basándose en que Melilla y Ceuta son partes integrantes de España, y en que ha existido continuidad histórica y contigüidad geográfica lo que no es aplicable en el caso de Gibraltar que es una colonia británica, y no es ni ha sido nunca parte del Reino Unido. Marruecos, sin embargo, desestima estos argumentos por considerarlos irrelevantes.
El estándar ISO 3166-1 reserva la extensión EA como el código de país para Ceuta y Melilla. El código de llamado (call sign) usado por los radioafiocionados en estas dos ciudades es EA9, y éstas se consideran cada una como “entidades” aparte.
